Al de El Barraco se unieron Denis Menchov (Rabobank) e Iban Mayo (Euskaltel). Los tres estuvieron por delante hasta que el pelotón los alcanzó a falta de cinco kilómetros para meta.

Más de la mitad de la prueba estuvo dominada por Jon Bru (Kaiku), que se escapó después de los primeros cincuenta kilómetros tras haber saltado anteriormente en el kilómetro 21 junto con el mijariego Ángel Vallejo (Relax-Gam) y Kolobnev (Rabobank), a los que dejaría en el camino. Bru estuvo escapado durante más de tres horas hasta que fue absorbido por el pelotón cuando comenzaba la subida a Jaizkibel, puerto de primera categoría, donde Sastre, Mayo y Menchov iniciaron su particular ascensión en solitario, pasando por el alto con una ventaja de 20 segundos.

El trío de cabeza encaró la última dificultad montañosa, el puerto de Gurutze, de tercera categoría, transitando por las calles de Irún, y coronando con una diferencia con el pelotón de 30 segundos. Pero cuando quedaban cinco kilómetros, Carlos Sastre y sus dos compañeros de fuga fueron alcanzados y no pudieron luchar por la victoria. El Caisse d’Epargne-Illes Balears de Alejandro Valverde y Pablo Lastras había tirado muy fuerte para abortar que el trío llegase en solitario a la meta. El pelotón absorbió a los tres fugados en la cuesta del alto de Miracruz, en la entrada de San Sebastián.

El tarraconense Xavier Florencio (Bouygues Telecom) fue el vencedor al sprint en la llegada al Boulevard donostiarra con un tiempo de 5 horas, 32 minutos y 45 segundos. Con idéntico crono entraron Pablo Lastras (17º) y Carlos Sastre (45º). Otros abulenses llegarían más retrasados. Así Ángel Vallejó (83º) cedió 5’08”, mientras que David Navas (111º) y Nacor Burgos (112º) perderían 11’19”.